Отправлено: 29.12.13 16:54. Заголовок: ЯНИИЖ ,генпаспорта(ДНК профили) собакам по микросателлитам

от Тарасенковой Нины от 11.11.13 года:

цитата:

Добрый день. Решила отчитаться о нашей работе. Итак собрано 165 проб крови (66 - ДНК выделить не удалось, вернее ДНК не хватило на повторный анализ), из них 19 НО. Осуществлено генотипирование 100 собак (в том числе немцы). Заказаны реактивы на оставшихся собак. По дистанции ... визуально разница есть (программа Gene Mapper наглядно рисует пики несколько различные для ВЕО и НО). Однако для аргументированного ответа о достоверном отличии необходимо пользоваться другой программой. И ее к сожалению у нас нет. Поэтому считаем вручную, а это как оказалось требует колоссального времени. Чтобы пояснить как это выглядит можно сказать, что получено 1300 графиков и их нужно сравнить между собой... конечно это упрощенно... Еще раз прошу извинения за нашу медленную работу.

цитата:

Всем сдавшим кровь выдадим бумагу (бланк сейчас обсуждаем/утверждаем) с указанием генотипа вашей собаки. Заплатившим за кровь будут сделаны определенные бонусы (сейчас будет решено какие именно, скорее всего это будут исследования по наследственным заболеваниям). Насчет сроков. Совершенно точно, что генотип первых 100 собак по микросателлитам уже установлен. Выдача документов по данным собакам будет произведена до конца этого года (говорю сроки с запасом, чтобы опять не извиняться). Остальные собаки будут генотипированы в январе-феврале (деньги за реактивы уже перечислены, получим в декабре). По дистанции... считаем, данные на руках, вопрос только в скорости исполнителей. Которая увы недостаточно высока. По бонусам. В начале следующего года определимся с перечнем и начнем отрабатывать.

 Отправлено: 29.12.13 16:57. Заголовок: Пробирки с нужным ре..

Пробирки с нужным реактивом заказывать, их присылают готовыми и уже сдавать конкретно в них.
Веты не каждый знает,что....залив в пробирку кровь,пробирочку надо опрокинуть на пробку,спокойно,без тряски,как хорошее вино,пару раз,коагулянт растворится и кровь уже может некоторое время храниться (до 5-ти суток в холодильнике)
Так они выглядят,пробирки, могут быть на 5млл и на 3 млл, поэтому набираем или 2 5-ти млл или 4 пробирки 3-х млл,
надпись K3EDTA , ну и внешний вид у них такой:

И сопроводительные документы -


В ГНУ Ярославский НИИЖК Россельхозакадемии
от руководителя Частного Питомника «Легенда Русь» Малининой Е.А. паспорт: ХХХХХХХХХХХХХ Череповца Вологодской обл. 15.02.2001 г.
Проживающей: 162618 Череповец,
ул. Юбилейная д. 32 кв. 2
Контактный телефон: 8(8202)218655

Сопроводительная
Я, Малинина Елена Анатольевна, направляю в ГНУ Ярославский НИИЖК Россельхозакадемии кровь 10 собак породы Восточноевропейская овчарка с целью исследования их генотипа:
№ Про-бирки Кличка Клеймо № Родословной
РКФ Отец
(Кличка,
№ родословной) РКФ Мать
(Кличка,
№ родословной) РКФ
1 Легенда Русь ЕЛань, чепр.(тип ВЕО) TDK 685 2647056 Р Легенда Русь Енкар
1678779 Р Легенда Русь Идилия 2140317 Р

 Отправлено: 29.12.13 17:00. Заголовок: Первые наглядные рез..

Первые наглядные результаты исследований на примере одного помета, есть профили родителей и бабушки.
Все ДНК профили разрешены владельцами для опубликования.

Ульрика
fhc2010 231/235
fhc2054 150
fhc2079 273
pez1 113
pez3 116/128
pez5 101
pez6 176
pez8 229/239
pez12 303
pez20 175/183
Типичные аллели для ВЕО. Ни одной из серии "характерны для НО "

 Отправлено: 29.12.13 17:02. Заголовок: Маленькое объяснение..

Маленькое объяснение и дополнение от Нины:


tarnina написал(а):

цитата:

И еще хочу поделиться ПРЕДВАРИТЕЛЬНЫМ пока выводом: наиболее яркое отличие между НО и ВЕО это аллели локуса fhc2054 для чистокровных НО типичны аллели 162 и 166. у ВЕО несущих крови старогерманского типа (овчарки 60-х годов) можно увидеть аллель 166. Недавное прилитие немецких кровей (2-3 колена) может принести и 162 аллель и 166 аллель. Какие немцы несут те или иные аллели, пока вопрос... Кстати у БШО прослеживается аллель 158 (у НО и ВЕО нами пока не обнаруженная)

 Отправлено: 29.12.13 17:02. Заголовок: Даймонд Краун Трофим..

Даймонд Краун Трофим (ЛР Сталкер*ЛР Властелина)
fhc2010 235
fhc2054 170
fhc2079 273
pez1 113/117
pez3 118/128
pez5 105
pez6 172/176
pez8 225
pez12 261/269
pez20 175/183
ДНК-профиль ЛР Властилины пока не готов (сделаем во вторую партию, ориентировочно январь)
А теперь про то, чем заинтересовал кобель
1) в локусе fhc2054 уникальная аллель (170) из 100 собак не встречается больше ни у кого в гомозиготном состоянии
2) в локусе pez5 редкая аллель (105) из 100 собак встречается у гетерозиготном состоянии у 5 собак, в гомозиготном только у этого кобеля
3) в остальных локусах интересное сочетание аллелей... то есть сами аллели достаточно распространены, а вот их сочетание в нашей выборке достаточно редко встречается.

 Отправлено: 29.12.13 17:04. Заголовок: Московские собаки: А..

Московские собаки:
Артуна сестра матери Василисы.

цитата:

профиль не нужно расшифровывать, его нужно использовать например стоит вопрос: является ли артуна дочерью василисы (профили приведены выше) сопоставляем их Натали Фарт Василиса Прекрасная Артуна fhc2010 - 231 fhc2010 - 235 fhc2054 - 150/166 fhc2054 - 150 fhc2079 - 273 fhc2079 - 273 pez1 - 117 pez1 - 113/117 pez3 - 116/124 pez3 - 122/124 pez5 - 101/105 pez5 - 101/103 pez6 - 176/184 pez6 - 176/184 pez8 - 235/243 pez8 - 235/239 pez12 - 269 pez12 - 269 pez20 - 175 pez20 - 175 Ответ - нет Вопрос могут ли данные животные быть родственниками? Да, и при том достаточно близкими.

 Отправлено: 29.12.13 17:05. Заголовок: Московские собаки: А..

Московские собаки:
Артуна сестра матери Василисы.

цитата:

профиль не нужно расшифровывать, его нужно использовать например стоит вопрос: является ли артуна дочерью василисы (профили приведены выше) сопоставляем их Натали Фарт Василиса Прекрасная Артуна fhc2010 - 231 fhc2010 - 235 fhc2054 - 150/166 fhc2054 - 150 fhc2079 - 273 fhc2079 - 273 pez1 - 117 pez1 - 113/117 pez3 - 116/124 pez3 - 122/124 pez5 - 101/105 pez5 - 101/103 pez6 - 176/184 pez6 - 176/184 pez8 - 235/243 pez8 - 235/239 pez12 - 269 pez12 - 269 pez20 - 175 pez20 - 175 Ответ - нет Вопрос могут ли данные животные быть родственниками? Да, и при том достаточно близкими.

цитата:

Гюрза из Серебрянных Россов Бия из Серебрянных Россов fhc2010 227 235 fhc2054 150 150 fhc2079 273 273 pez1 113/117 113/117 pez3 118/128 118/128 pez5 101 101/107 pez6 172/176 172 pez8 227/243 225/243 pez12 269 269 pez20 175/179 179 Бия из Серебрянных Россов является матерью Гюрзы из Серебрянных Россов с достоверностью 95%. Расхождение в локусе fhc2010 может быть вызвано наследованием аллели отца (к сожалению днк-профиля отца у нас нет, чтобы утверждать это).

 Отправлено: 29.12.13 17:06. Заголовок: ЖИВОТНЫЕ, У КОТОРЫХ ..

ЖИВОТНЫЕ, У КОТОРЫХ ЕСТЬ ДНК-ПРОФИЛЬ ПО МИКРОСАТЕЛЛИТАМ

№№ № пробы кличка Согласие на публикацию
1 11 Адель Хоф Шанталь
2 27 Шерн
3 28 Юлька
4 29 Пума
5 30 Айка
6 31 Рус Брискази Саншайн
7 32 Альфа из Ярославского княжества
8 33
9 34 Еживика
10 35 Игл би Таврика
11 36 Кай
12 37 Хильда
13 38 Арчи
14 39 Игл би Димонти
15 40 Игл би Раффа
16 51 Лана Фом Рус Линдерберг
17 52
18 53 Золотое Кольцо Ирма
19 54 Жошуа Фом Рус Хаус Траум
20 55 Биг Хаус Улана Карден
21 1 Грей (Добью Гладиатор из ксаро - честная игра)
22 2 Рейган (Невский Рыцарь) Получено
23 3 Легенда Русь Звездная метель Получено
24 4 Лютый Получено
25 5 Легенда Русь Колдун Получено
26 6 Новая Эра Получено
27 56 Ван Хельсинг Черный Страж Получено
28 57 Живописная Латония
29 58 Голджин Акира Получено
30 59 Настоящий Мачо Получено
31 60 Верный Друг Магия Получено
32 61 Легенда Русь Ворд
33 62 Ядрена матрона Получено
34 63 Тайгина Сибрина Получено
35 64 Лекс Гадар Получено
36 65 Живительная Акура Получено
37 66 Ульрика Получено
38 67 Тайсара Дочь Князя Получено
39 68 Легенда Русь Холмовой Князь Получено
40 69 Легенда Русь Звездный Луч
41 70 Легенда Русь Алана
42 71 Шанель
43 72 Уральский Орлан
44 73 Пират
45 74 Архей Аурора Аструм
46 75 Легенда Русь Истинная Радость Получено
47 76 Зима Получено
48 77 Легенда Русь Улауберг Получено
49 79 Легенда Русь Изумрудный Блеск Получено
50 80 Тара Трикси Леди Босс Получено
51 81 Онега Снежа Получено
52 82 Легенда Русь Агата Кристи Получено
53 83 Сивилия Получено
54 84 Надежда Онежская Получено
55 85 Бонни Получено
56 86 Легенда Русь Орлана Ждана Получено
57 87 Легенда Русь Ясень Получено
58 88 Ассоль Получено
59 89 Аркаим Получено
60 90 Альма (немец) Получено
61 91 Госпожа Удача Получено
62 92 Легенда Русь Патриот Получено
63 93 Овчарка Чара из Черной Стаи
64 94 Рассвет Получено
65 95 Гермес Уральский
66 97 Роксана
67 98 Старая Руса Гудвин Получено
68 99 Аэлита Русь Получено
69 7 Натали Фарт Василиса Прекрасная Получено
70 8 Гюрза из Серебрянных Россов Получено
71 9 Бия из Серебрянных Россов Получено
72 10 Артуна Получено
73 12 Питер де Лютвинс
74 13 Моншер Вирсаль Искушение Получено
75 14 Карат (Моншер Вирсаль Тристан) Получено
76 15 Лютар Патриций Получено
77 16 Гордена Получено
78 17
79 18 Фиелисс Санта Лютара Получено
80 19 Лютар Иртыш Получено
81 20 Лютар Гвен Получено
82 21 Поэма из Лютара Получено
83 22 Веста (Моншер Вирсаль Эсмеральда) Получено
84 128 Вельская Дружина Жоксен Получено
85 129 Моншер Вирсаль Арагви Получено
86 133
87 137 Аликс Сибур от Гарэкса ЗАПРЕТ
88 139 Моншер Вирсаль Афина
89 140 Моншер Вирсаль Зодчий
90 142 Вео Виват Фокс
91 42 Легенда Русь Рубина
92 106 Черкес Русич
93 107 Вирджиния Гордость Питера
94 117 Легенда Русь Зара
95 126 Даймонд Краун Трофим Получено
96 162 Легенда Русь Барс 2 Получено
97 163 Легенда Русь Фирюза Получено
98 25 Серебряный Волк Злата Роксолана
99 118 Легенда Русь Снегурочка Краса Получено
100 155 Легенда Русь Глаша Получено

 Отправлено: 29.12.13 17:12. Заголовок: http://f5.s.qip.ru/N..

 Отправлено: 31.12.13 07:24. Заголовок: kaskad84 китайский п..

kaskad84 китайский проще выучить, чем разобрать эти таблицы
Придется кому-то нам мастер-класс давать по чтению данных данных (простите за тавтологию)